СП большого вреда не будет, тк опускание стекла будет происходить при открытой двери.
Блок комфорта с S-купехи это понятно, а как энто реализовать, может, кто на Ты с электроникой,
схемку набросает.Плиз 
Безрамочное окошко вполне неплохо примерзает и по дверным уплотнениям, за 3 зимы регулярно в этом убеждался. Да и просто из-за постоянного елозания на небольшие расстояния вниз-вверх наверняка износ резко ускорится.
Тут не электроника, а скорей электрика 
Нужно две пары реле времени на замыкание, где-нить на 1 сек одно и на 2 сек другое.
При получении массы от концевика ремнеподатчика соответствующей двери (желательно через диод) релюшка №1 на 1 сек замыкает контакты параллельно клавише, стекло 1 сек пытается ехать вниз.
С реле запирания чутка сложнее - надо подумать, как организовать его срабатывание с небольшой задержкой после пропадания массы с концевика (дверь закрылась), но вопрос тоже решаемый.
При желании такую хрень из 4-х релюшек можно собрать на монтажной платке и разместить около блока комфорта, и там же врезаться в проводку. Но честно гря - особого рвения резать и колхозить не испытываю.
Если совсем беда с захлопыванием дверей - для начала имеет смысл проконтролировать регулировку окошек.
